Letiště má 4 terminály, které jsou de facto jedinou velkou spojenou budovou, takže případný přesun mezi nimi se dá relativně rychle realizovat pěší chůzí.

Terminál 1 slouží vnitrostátním letům Qantas, terminál 2 všem mezinárodním linkám, terminál 3 vnitrostátním linkám Virgin Australia a terminál 4 pak vnitrostátním spojům Jetstar a Regional Air Express.

V rámci jednoho terminálu bude stačit přestupní čas 50 minut, v případě přestupu mezi terminály pak musíte počítat minimálně s 90 minutami, ideální čas činí 120–150 minut. Při transferu z mezinárodního na vnitrostátní let musíte nejprve vyzvednout zavazadla a projít imigrační kontrolou.

Ze všech hlavních australských letišť je Melbourne určitě pro přestupující cestující nepřívětivější.